Maziem bērniem hormonālas novirzes gadījumā ārstēšanu var veikt ar injekcijām Testosterons, kuras devu un regularitāti nosaka endokrinologs. Šī labi ievērotā ārstēšana palielina dzimumlocekļa izmēru. Ja mikropeni izraisa dzimumlocekļa audi, kas ir nejutīgi pret testosteronu, šai hormonālajai ārstēšanai nav nekādas ietekmes.

Jo ātrāk tiek atklāts mikropenis, jo ātrāk tiek veikta ārstēšana, jo efektīvāka tā būs. Ārstēšana var būt nepieciešama arī pubertātes laikā. Pēc pubertātes hormonālā ārstēšana vairs nav efektīva, jo audi vairs nereaģē tāpat.

Mikropēna ķirurģiska ārstēšana     

Pieaugušā vecumā, kad mikropenis nav apstrādāts vai ārstēšana nav bijusi pietiekami efektīva, ķirurģija ir iespējams. Tomēr tas ne vienmēr sniedz pārliecinošus rezultātus.

Saites sadaļa apturošs var piedāvāt dzimumlocekļa daļu, kas iet no dzimumlocekļa uz pubi. Tas nekādā veidā nemaina dzimumlocekli, bet daļēji atdala to no kaunuma, padarot to garāku. Novērotais pieaugums ir 1 līdz 2 cm ļenganā stāvoklī un 1,7 cm erekcijā. Šis pagarinājums tiek iegūts par nestabilu dzimumlocekļa erekciju, jo tas ir sliktāk piestiprināts pie kaunuma, kas var padarīt iekļūšanu vieglāku.

THEautologo tauku injekcija ietver subjekta tauku injicēšanu zem viņa dzimumlocekļa ādas. Tas nekādā veidā nepagarina dzimumlocekli, bet vizuāli padara to biezāku. Laika gaitā ķermenis neuzsūc tikai daļu no ievietotajiem taukiem (no 10 līdz 50% atkarībā no subjekta). Rezorbcija var būt nevienmērīga un izraisīt dzimumlocekļa izskatu “rožukronis”.

Mikropenim var būt būtiskas psiholoģiskas sekas, īpaši pusaudža gados, svarīgi, lai cilvēkam tiktu sniegta palīdzība un ņemtas vērā viņa šaubas.